В ранее построенной эволюционной модели были получены мутантные последовательности. Узлы дерева переобозначены. Сравнить можно здесь
Тремя различными способами были получены матрицы попарных эволюционных расстояний.
В этой таблице указаны истинные расстояния в модели - т.е. количества замен на 100 нуклеотидов, которые производились программой msbar (все мутации были заменами (т.е вставок и выпадений нуклеотидов не было))
|
|
В этих таблицах указаны попарные различия между последовательностями, полученные программой distmat (т.е. мы заново искали эволюционные расстояния по имеющимся последовательностям).
|
|
На этом графике представлены графики зависимости расстояний, полученных с помощью программы distmat.
|
Видно, что метод Джукса-Кантора дает значения расстояний более близкие к действительным, чем способ подсчёта количества различий. Оба метода показывают хорошие значения лишь для небольших расстояний. Однако, при больших значениях количество несовпавших нуклеотидов в последовательностях стремится к 75. Т.е. к количеству несовпадений в двух случайных последовательностях (а расстояние больше 100 таким образом вообще нельзя получить). А метод Джукса-Кантора делает поправку на возможность обратной мутации и соответственно лучше отражает эволюционную картину.